การอักเสบอาจทำให้เกิดโรคเรื้อรังได้เช่นกัน การอักเสบไม่ได้ช่วยร่างกายเสมอไป ในบางโรค ระบบภูมิคุ้มกันจะต่อสู้กับเซลล์ของร่างกายโดยไม่ได้ตั้งใจ ทำให้เกิดการอักเสบที่เป็นอันตราย ตัวอย่างเช่น การอักเสบ โรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ ซึ่งข้อต่อต่างๆ ทั่วร่างกายเกิดการอักเสบอย่างถาวร โรคสะเก็ดเงิน – โรคผิวหนังเรื้อรัง โรคลำไส้อักเสบ เช่นโรคโครห์นหรือลำไส้ใหญ่อักเสบเป็นแผล เรียกรวมกันว่าโรคอักเสบเรื้อรัง โรคเหล่านี้สามารถคงอยู่ได้นานหลายปีหรือตลอดชีวิต ความรุนแรงและระดับของกิจกรรมแตกต่างกันไป